Team Magma e Team Aqua

Na Região Hoenn existem duas organizações maléficas que desejam o poder e passam por cima de tudo e todos para o alcançar.
Estas duas equipas causarão problemas durante a tua jornada mas apenas uma será um alvo a abater, enquanto que a outra irá ajudar-te a terminar com os problemas da outra equipa, isto dependendo da versão que escolhes jogar. 
Estas duas equipas rivais encontram-se constantemente em conflito uma com a outra. Cada organização possui uma hierarquia bastante particular e, portanto, temos (por ordem decrescente de poder) um Líder, Administradores e vários agentes que desempenham atividades de campo.
 

Team Magma

O objetivo da Team Magma é despertar o Pokémon Lendário Groudon para expandir o território terrestre, eliminando parte da superfície aquática existente no planeta, aumentando eficazmente a área que pode ser trabalhada pela humanidade, para atingir um desenvolvimento e evolução ainda maiores. Ao acreditar que o desenvolvimento da humanidade trará mais felicidade ao mundo, os membros da Team Magma creem que trabalhar para a coexistência equilibrada da humanidade e dos Pokémon é uma ideia absurda, que serve apenas para atrasar o progresso da humanidade. 
A Team Magma irá ajudar-te a combater a Team Aqua em Alpha Sapphire. Esta equipa é especialista em Pokémon do tipo Fogo.
 

Maxie

Maxie é o Líder da Team Magma, a equipa que procura um ideal global para a humanidade. Presta atenção aos mínimos detalhes e é bastante sensível em determinados aspetos. Tem o hábito de descrever situações em termos numéricos. Demonstra uma atitude calma e crê que é necessário fazer alguns sacrifícios para poder atingir os seus objetivos. Maxie possui um par de Mega Glasses, com uma misteriosa Key Stone necessária para MegaEvoluir o seu Pokémon.
 

Administradores

Tabitha

Normalmente, Tabitha apresenta uma expressão facial bondosa, mas, quando se enerva, os seus olhos tornam-se penetrantes e o seu olhar incisivo. A sua tendência natural para ser prestável tornou-o, aparentemente, muito popular junto dos Agentes. Existem rumores de que tem como objetivo ser o líder da Team Magma.
 

Courtney

Courtney é uma ex-cientista, conhecida por ter uma mente brilhante e adora o Maxie. Não fala muito e mostra pouco interesse em muitas das coisas que se passam à sua volta, ou mesmo na sua própria situação. A sua personalidade é tal que quando se interessa por algo ou alguém, fá-lo incansavelmente.
 

Agentes

A Team Magma dispõe de numerosos agentes que levam a cabo atividades no terreno e são eles que normalmente aparecem para levar os planos de Maxie para a frente. Com isto, terás que combater contra vários agentes da Team Magma se os quiseres parar.
 

 

Team Aqua

O objetivo da Team Aqua é despertar o Pokémon Lendário Kyogre para expandir os mares, inundando grande parte da listosfera causando chuvas torrenciais para tentar recuperar os ricos habitats dos Pokémon, perdidos devido à ganância da humanidade. O mar é a origem de toda a vida e, ao recuperá-lo, os membros da Team Aqua pretendem recriar um lar ideal para os Pokémon. 
Team Aqua irá ajudar-te a combater a Team Magma em Omega Ruby. Esta equipa é especialista em Pokémon do tipo Água.
 

Archie

Archie é o líder da Team Aqua, um homem com um coração inabalável que procura construir uma casa ideal para os Pokémon. O seu grande coração e a sua personalidade inspiradora permitiram-lhe conquistar a profunda lealdade dos seus subordinados. Mas, também é uma pessoa perigosa que não se preocupa com o que lhe acontece a si ou à sua equipa, desde que consiga atingir os seus objetivos. Archie possui uma Mega Anchor, com uma misteriosa Key Stone necessária para MegaEvoluir o seu Pokémon.
 

Administradores

Matt

O enorme corpo de Matt, como o de um lutador, possui uma força poderosa. Está em dívida para com Archie, que outrora o salvou, e é fiel à pessoa que o salvou até às profundezas do seu coração. Adotou os ideais de Archie como seus e está preparado para sacrificar a própria vida, se isso ajudar a torná-los realidade.
 

Shelly

A Shelly pode ser descrita como o cérebro da Team Aqua. O seu estilo e a sua atitude podem parecer excessivos, mas a sua inteligência, a sua personalidade frontal e o seu dinamismo conquistaram muitos fãs entre os membros da Team Aqua.
 

Agentes

A Team Aqua dispõe de numerosos agentes que levam a cabo atividades no terreno e são eles que normalmente aparecem para levar os planos de Archie para a frente. Com isto, terás que combater contra vários agentes da Team Aqua se os quiseres parar.